Mutanti sú ľudia ďalšej generácie. Vrodený mutačný gén X im dodáva rôzne nadľudské schopnosti.

Tieto schopnosti spôsobujú u ľudí strach a nenávisť voči mutantom. Profesor X však verí, že ľudia a mutanti môžu žiť spolu na zemi v mieri. Založil preto Školu pre nadané deti, kde učí mladých mutantov využívať svoje schopnosti v prospech ľudstva.

Dlhoročný priateľ Profesora X, Magneto, však už utrpel veľa krívd od ľudí. Založil Bratstvo zlých mutantov s cieľom vyhubiť ľudstvo. Preniká do školy pre nadané deti a nachádza cerebro, ktoré mu umožní otráviť každého jedného človeka na zemi.

Rýchlo mutanti! Vráťte sa do Školy pre nadané deti, využite svoje superschopnosti, porazte Magneta a zachráňte ľudstvo skôr ako bude neskoro!